明朝国本之争历时十余年，始于万历帝（明神宗）对皇长子朱常洛与福王朱常洵的太子之位争夺。朝臣多拥护长子的继承权，但明神宗偏爱郑贵妃所生的朱常洵，并有意立为太子。两派观点僵持不下，最终由仁宗妥协解决。
据说，万历十四年，首辅申时行上疏主张立皇长子为太子，以避免后宫干政的流言。此举激怒了明神宗，他以“册封贵妃非东宫起见”而降旨处罚申时行及其他反对声音者。
自此以后，大臣们继续要求册立皇长子，并在万历十八年集体辞职施加压力。尽管如此，明神宗仍推迟举行登基仪式，将其延至万历十九或二十年春，再次推迟至次年的八月。而当工部张有德提议准备登基礼仪时，被以不准奏扰为由罚禄三月。申时行虽被迫辞职，但暗中表达辩解，此事引发公众舆论，对他的名誉造成重大打击。
随着大臣敢于直言批评皇帝私生活的消息传出，加上皇帝频繁借口头眩未能按期早朝，这些事件进一步激化了国本之争。大臣们遭受辞职和廷杖的威胁，而那些敢于向外廷透露秘闻的人，也开始感到忐忑不安。
最终，在大学士王锡爵提出将三个儿子的同时封王并择善者为太子的建议后，一场新的风波爆发。这一提议引起了广泛讨论，因为它似乎质疑了朱常洛作为嫡出的合法性，最终导致王锡爵自劾请辞，而明神宗也因压力而收回了这一决定。在这漫长的国本之争中，最终还是仁宗采取妥协措施来结束这一危机。
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