国本之争的深远影响与元朝历史的借鉴意义
国本之争对万历时期产生了深远的影响，首先是导致了皇权事实上的下降。明神宗不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员的缺位现象视而不见，这极大地破坏了晚明政局，并且他大兴敛财之道，派遣矿监和税监为害百姓，从而激起民变。这直接导致了国家正常运行受到极大的破坏。
其次，国本之争使得明末形成了党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位的模糊态度，使得官场乃至地方的人妄加揣测，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗。此后东林党又与阉党斗争，这种局面使得政府行政效率下降。
再次，明神宗希望独揽大权，而又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；长居深宫，不理朝政的情况下司礼监的地位自然上升；外戚实力的发展也得到推动，并出现内监以郑贵妃为主的情形。
皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，加上政府机构涣散，此时言官因对朝政不满，上疏抨击时政，其实力也得到提高；地方仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体出现，又有东林书院文人关注时政，最终有东林党之称。万历末年的民变乃至后金兴起，也代表了地方势力的崛起。
在这漫长几十年的斗争中，言官这一力量以群体性行动维护正统皇位继承原则稳定统治秩序，制衡皇权以及弘扬官僚正气发挥着极其重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向成为晚明三大案诱因，在一定程度上加剧了一方三方甚至六方七方八方九方（指各个派系）之间不断拉锯战，使国家更加分裂加速灭亡，是晚明最具影响事件之一。在此主题上，有众多历史研究者站在臣僚一边，对郑贵妃持否定态度，如她天生该安分守己做任人宰割的妃嫔，不应有做皇后的非分想；万历皇帝天生就该和王恭妃恩爱，不应真正爱情。这类论断出于僵化保守思想驱使，无疑失公允，让难辨真假历史再蒙上一层难以识别的尘埃。
