万历时期的国本之争，其影响深远，首先是皇权实质性下降。明神宗不理朝政，使得内阁、地方官员缺位现象被忽视，最终对晚明政治造成极大的破坏。他还大力敛财，派出矿监、税监，对百姓造成巨大苦难，从而激起民变。此外，这场争议也是导致明末出现党争的一个重要因素。由于明神宗对储位态度模糊，官场和地方人士都开始猜测政局混乱，不断出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的斗争。
此举最终导致了晚明政治局势更加混乱，并成为三大案的诱因。这一情况自然导致政府行政效率的大幅下降。此外，由于希望掌握全部权力，而又放任缺职未补，内阁力量遭受削弱；长时间居住在深宫中不理朝政的情况下，司礼监的地位得到提升；郑贵妃宠爱也使外戚实力增强，并出现内监以郑贵妃为主的人物。
皇帝怠慢朝政，廷臣之间的攻讦不断，加剧了政府机构分散状态；言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的声音也因此得到提高；同时，本地仕途不再是衡量个人价值唯一标准，“山人”群体出现，并后来有了东林书院文人关注时事，最终形成东林党这一概念。万历末年的民变乃至最后后金崛起，也代表着地方势力的崛起。
在这数十年间与明神宗斗争过程中，言官以集体行动维护正统继承原则稳定秩序制衡皇权弘扬官僚正气发挥极其重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向，是晚明三大案诱因之一，在一定程度上加剧了党派冲突并可能加速了灭亡，是晚清最具影响事件之一。
国本之争历史辩论曾经为神宗付出青春与爱情的郑贵妃，被后人唾弃，即便史学家亦未必给予公正评价。“女人乃祸水”，同样是对郑贵妃结论。在国本之争主题上，还有众多研究者站在臣僚一边观点依然坚持。似乎郑贵妃天生该安分守己做任人摆布的妃嫔，不应有做皇后的野心；而神宗应与王恭妃恩爱，不应真正拥有感情。这些违反常情论断，大多由僵化保守思想驱使，无疑失去了公允，让原本已分清楚的事实再次蒙上了难以识别的污垢。
