国本之争的深远影响对万历时期的政治产生了重大冲击，首先是导致了皇权事实上的削弱。明神宗忽视朝政，长期不理国家大事，最终导致内阁和地方官员缺位，这在一定程度上破坏了晚明政局，并且通过敛财活动，如派遣矿监和税监，对百姓造成极大的苦难，从而激发民变。
其次，国本之争是形成晚明党争的一个重要因素之一。由于明神宗对于储位的模糊态度，使得官场中的人士开始猜忌和揣测，这种情况加剧了社会混乱。随后出现了宣、昆、齐、楚、浙五党与东林党等两大派之间的公开斗争，以及东林党与阉党之间暗流涌动的情形。这一切为一己私利牺牲国家大义，不仅使政府行政效率下降，还成为三大案（如倭寇案、大同盐禁案）的诱因。
再者，明神宗希望独揽大权，但又放任缺官不补，使得内阁势力受损；他长时间居住在深宫中不理朝政的情况下，加强了司礼监的地位，而外戚郑贵妃则因为受到宠爱而获得更多权力。此时外戚势力得到发展，同时有内监以郑贵妃为主的现象出现。
皇帝怠慢朝政，上层廷臣间不断发生攻讦和斗争，而中央政府机构也逐渐瓦解。在这种背景下言官凭借对朝政不满，上疏抨击时政，他们的地位也因此得到提升。而地方上，对仕途以外其他标准评价人生价值，也逐渐有所接受，“山人”群体出现，文人关注时事，最终有“东林书院”的建立，即被称作“东林党”。到万历末年，当地民变爆发以及后金兴起，更反映出地方势力的崛起。
在这几十年的斗争过程中，言官作为一个力量，以群体性的行动来维护正统继承原则、稳定统治秩序，并弘扬官僚正气，在这些方面发挥出了至关重要的作用。“国本之争”，决定着万历之后中国历史走向，是晚明最具影响力的事件之一，也成为了历史学家们探讨的一个热门话题。
关于国本之争，有些史学家曾经批评过郑皇贵妃，她一直遭到了后人的谴责，即便是今天很多研究者依然站在那些臣僚的一边，对于这个悲剧性人物给予无情评价。他们认为郑皇贵妃天生就应该安分守己，不应有做皇后的野心；同时，也有人认为万历皇帝应该与王恭妃恩爱双全，不应真正拥有感情。这类观点往往源自一种固化思想，无疑是不公平，而且将原本已经清晰的事实再次蒙上了迷雾，让人们难以辨别真相。
