国本之争的历史影响深远，首先导致了皇权事实上的下降。明神宗不理朝政，导致内阁、地方官员缺位，对晚明正常运行造成巨大破坏，同时大兴敛财之道，派矿监、税监害百姓，激起民变。
其次，这场争议是形成党争重要原因之一。明神宗对储位模糊态度，使官场及地方人士揣测政局混乱，出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派斗争。这后来的东林与阉党斗争，为个人牺牲国家大义，使晚明政局混乱，不堪成为明末三大案诱因，其行政效率下降。
再次，明神宗希望独揽大权，但放任缺官未补，使内阁势力削弱；长居宫中不理朝政，加上司礼监拥有“批红”权利，在特殊情况下地位自然上升；对郑贵妃宠爱，加强外戚实力，并有内监以郑贵妃为内主现象。
皇帝怠政昏晕，廷臣攻讦政府涣散，此时言官因不满上疏抨击时政实力提高；地方仕途非衡量人生价值唯一标准，有山人群体和东林书院文人关注时政，最终有东林党称号。万历末年民变乃至后金兴起代表了地方势力的崛起。在长期斗争中言官发挥作用维护正统原则稳定秩序制衡皇权弘扬正气等方面极为重要。
国本之争决定了万历以后明朝走向成为晚明三大案诱因在一定程度加剧形成甚至加速灭亡，是最具影响事件之一。此外关于此主题，还有众多研究者观点站在臣僚一边，看似郑皇贵妃天生该安分守己，而不是做嫔妃，不应想做皇后；万历皇帝应与王恭妃恩爱，不应真正情感。这些论断出于僵化保守思想驱使，无疑失公允，将难以辨认的历史蒙上了锈迹。
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