明太祖洪武初年创立的都司卫所，最初名为都司、行都卫，至洪武八年更名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都 司），到宣德年间定型。全明朝共有十六个大型的军事机构—“十六总”和五个小型军事机构—“五行”，此外还有二留守司。
这些机构分布在全国十三个布政使分区内，每一分区设有一处，都司与当地长官布政使同驻一城。各区域包括山东、浙江、江西、福建湖广等省份以及陕西、四川等边疆地区。
除了直接管理军事任务外，这些组织还涉及民政工作，特别是在边境地区，他们不仅要防御侵略，还要管理地方居民。这体现了它们在维护国家统治和防御外敌方面扮演着重要角色。
留守士则专门负责皇陵的安全，其主要职责是保护朱元璋及其后继者的陵墓。两直隶京师南北两方由直隶府管辖，而其他的地方则由各省政府管辖。
随着时间推移，这些组织变得更加复杂，有些地方由于需要更多资源来支持其功能，就开始进行屯田生产，以确保士兵们能够得到食物。此举导致他们逐渐融入当地社区，并且参与到农耕活动中去。
最终，这种制度发展出了一个新的行政单位形式，其中既有军队也有平民居住，由单一的官员管理。这类实土卫所被《明史-地理志》记载为那些拥有大量土地并且涉及较多民政工作的事务性强的部分。而另一方面，无实土卫所，则完全以纯粹的军事目的而存在，没有涉及任何农耕或民生问题。
这些都是朱元璋为了消除地方割据势力而设计出来的一套系统，但随着时间过去，该体系也遭遇了一系列挑战，最终导致它在晚期失去了效用，无法有效抵御外部威胁或维护国内秩序。
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