在忽必烈的传奇一生中，明朝后期对疆域失去控制力，或许与群臣内哄有关。明朝鼎盛时期的疆域面积曾接近1000万平方公里，但到了晚期，其控制能力显著减弱，导致部分领土被侵占。尽管明朝军事力量不弱，但为何会受到周边小国欺凌？答案往往藏于朝廷内部。
新疆地区自唐代起便未再受中原王朝统治，长时间处于混战状态。在明初，大明西部有哈密等地属于其领土，不过以西区域仍动荡不已。"封疆之狱"是 明朝对新疆部分地区控制的一个分水岭。
嘉靖初年，当吐鲁番多次攻扰肃州时，内阁大礼议之争激化，“封疆之狱”爆发，对甘肃巡抚陈九畴等四十余人进行处置。世宗朱厚熜采纳几位大臣建议，以王琼为三边总督。此时，上升官阶的官员对吐鲁番问题无兴趣。当嘉靖八年，一改前策，对吐鲁番吞并哈密视若无睹。
然而哈密至关重要，如三边总制王越所言：“若是哈密不规复，那苦峪就很难防守了。”詹事府詹事霍韬亦认为：“保住哈密是为了保住甘肃，而保护甘肃则是为了守住陕西。”
许论批评之前议和政策，却也知当前不同，他指出收复哈密面临两个难题：第一、人口稀少；第二、缺乏像他父亲那样能率军深入的人才。他还列举四个理由不可急于收复：
哈密战略地位降低；
遗民兴趣淡薄；
吐鲁番如今成敌人筹码；
关西部落残破，不需恢复原貌。
这些理由使得动荡半个多世纪的哈密甘肃进入平稳时期。不过，此举反映了明朝西域政策失败，同时吐鲁番助力抵挡更强势力的入侵。
历史常令人捉摸不透。吐鲁番虽敌对却偶尔向明贡献，并主导西域向清贡献，这种态度持续到哈密衰落后改变。这显示了 明 朝 西 域 政 策 保 守 性 强 且间接管理，使得伊斯兰化逐渐增强，而佛教影响减少。经济交流也仅局限于丝绸之路贸易活动，与郑和下西洋式的大规模交流不同。而这一切，都可从“封疆之狱”找到缘由之一端。在此事件之后，内阁遭洗牌，再次换来了一批新进官员及新的政策体系，这些都与以往相悖，让原本普通边境问题成为攻击异己者的利器，最终导致了对于哈密态度的转变，从积极规复变成了坐视不理。
