国本之争的深远影响，首先体现在皇权事实上的削弱。明神宗长期不理朝政，以至于对内阁、地方官员的缺乏补充视而不见，这极大地破坏了晚明政局，同时他大兴敛财之道，派遣矿监、税监为害百姓，激起民变。其次，这场争议是形成晚明党争的一个重要原因之一。由于明神宗对于储位的模糊态度，使得官场和地方的人物开始揣测，不断出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派的斗争，这种混乱局面导致政府行政效率下降，更成为后来三大案的诱因。
再者，明神宗希望独揽大权，而又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；他长居深宫不理朝政，司礼监因拥有“批红”的特权，在这种特殊情况下地位自然上升；由于对郑贵妃宠爱过度，此时外戚实力也得到提升，并出现内监以郑贵妃为主的情况。
皇帝怠政昏晕，廷臣之间不断斗争攻讦，加剧了政府机构涣散状态；言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，其实力也因此得到提高；同时，有了“山人”群体以及东林书院文人关注时政，最终有了东林党之称。而万历末年的民变乃至后金兴起，又代表着地方势力的崛起。在这数十年的斗争中，言官发挥了维护正统皇位继承原则、稳定统治秩序及弘扬官方正气等作用，是晚明最具影响事件之一。
国本之争决定了万历以后明朝走向，为加剧晚明三大案和早期部分地区反抗运动奠定基础，对于加速清除腐败与改革的机会造成重大阻碍，也推动了一系列政治文化背景下的社会结构变化，为史学家们提供无尽思考空间。不过，即便如此，“女人乃祸水”，这一结论仍然存在分歧，有研究者认为应重新审视此类评价，并从更全面角度考察历史人物及其所处时代背景，以免将历史简化为一成不变的事实。
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