国本之争的深远影响：朝代时间轴中的社会变迁
国本之争对万历时期产生了持久的影响，首先是导致了皇权实际上的削弱。明神宗忽视国家大事，以至于最后对内阁和地方官员缺乏任用，对晚明正常运转造成巨大破坏，同时他实施敛财政策，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的苦难，从而激发民变。这场争斗还使得明末形成了党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位不清晰，使得官员乃至地方人士猜忌加剧，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派的公开斗争，这种状态为一己私利牺牲国家大义，最终导致政府行政效率下降。
此外，明神宗希望独揽大权，却放纵缺官不补，使得内阁势力受损；长期居住在深宫中，不理朝政的情况下，司礼监因拥有批红信件的权力，在这种特殊情况下地位自然上升；由于对郑贵妃宠爱过度，此时外戚实力也得到提升，而且出现内监以郑贵妃为主导的情况。
皇帝怠慢政务，而廷臣之间的攻讦更加激烈，政府机构涣散，此时言官因对朝政不满，上疏抨击当局，他们的地位也因此得到提高；同时地方上仕途不再是衡量个人价值唯一标准，有“山人”群体出现，并且文人关注政治，最终有东林书院成立，被称作东林党。万历末年的民变乃至后金兴起，又代表了地方势力的崛起。在这数十年间朝臣与明神宗之间的斗争中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统皇位继承原则稳定统治秩序，以及制衡皇权弘扬官方正气发挥了极其关键作用。
"国本之争"决定了万历之后明朝走向，为晚明三大案提供了一系列诱因，在一定程度上促进党派冲突，加速了整个帝国灭亡过程，是晚 明最具影响力的事件之一。此外，该主题仍然存在着许多历史学家关于国本之争观点的大量研究者，它们依然站在这一时代背景下的臣子立场上评判这些事件。似乎郑贵妃天生就该安分守己做任人宰割的妃嫔，而不是应该有成为皇后的野心；而万历皇帝天生就该与王恭妃恩爱相处，不应真正有感情。而这些违反常情论断多出于一种僵化保守思想驱动，无疑失去了公允性，将难以辨认的事实又蒙上了厚重的一层污垢。
