在元朝的经典故事里，总督与巡抚的角色扮演着至关重要的位置。尽管这两个官职在明清两朝有着天壤之别，但它们都代表了封疆大吏在地方上的绝对权威。然而，在最初的设立中，这两个职位与我们现代理解中的差异颇为显著。
总督和巡抚制度源于明朝初年，当时官制继承自元代。在地方行政上，设置了中书省，但改行省丞相为承宣布政使。布政使的权力远比行省丞相小，仅负责民政和财政，而司法、刑狱由按察使管理，军事则由指挥使掌控。明初布政使、按察使、指挥使并称“三司”，彼此独立，不构成统属关系，只有重大事务需三人合议，上报中央请示。
朱元璋为了加强中央集权，并防止出现内轻外重的情况，便推出了督抚制度。这一制度是为了解决“三司”并列带来的权力分散问题，使得地方治理更加集中化。此后，在洪武二十四年（1391年），朱太子朱标被派往陕西进行考察建都之策，这标志着巡抚制度的诞生。但当时朱标并不负责管理地方，而是在考察建都任务上执行。
到了建文永乐年间，巡抚才正式成为管理地方目的派遣的大臣。而永乐十九年的26名巡抚虽然临时性质，但奠定了其未来长期派往各地作为正规官员的地位。在宣德年间，他们真正成为封疆大吏，如于谦、周忛等都是这一时期著名的人物。
总督则晚于巡抚设置，其形成始于景泰年间，以两广地区设立长驻总督，为其系统化奠定基础。在《明史》和《大明会典》中，它们不被视作封疆大吏而是编入都察院系统，因为他们既是廷臣又兼任都御史或副都御史头衔，有的地方管辖实际上已经达到了封疆大吾的地步。
清朝沿袭了明朝体制，将总督和巡抚继续置于地方行政首领位置，并且增加了一些新的功能，比如文武兼备并带有右都御史衔。不过由于他们之间职责界限模糊，因此实践中难以区分哪个更高级别。
直到乾隆帝执政期间，由于满汉矛盾缓解以及汉族地主阶级力量增强，对用人政策发生转变，即尽量不使用汉人或汉军旗人而多选用满洲人的做法。当乾隆评论雍正帝信任的一些高级官员时，他特别提及其中只有鄂尔泰是一个满洲人，从而反映出这种变化。
随后的嘉庆帝道光帝也遵循同样的用人政策，不过开始有一些影响力的汉族官员担任过这些职位，如阮元贺长龄林则徐等，他们都是当时风云人物。而到了晚清阶段，由于是国藩胡林翼李鸿章左宗棠等人的崛起，以及授予他们总督或巡抚，一批新型的地方豪强势力逐渐形成，这对于晚清政治产生深远影响，最终导致这些豪强演变为各地割据军阀。
