朱棣统治时期，明朝军事组织经历了四大变革。首先，他取消了护卫制度。其次，将南京的多数京卫调往北方，并提升了一些北方部队至亲军地位，使得驻扎在北京的京卫成为了帝国中最大的武装力量。此外，在京师设立营制，士兵们通过营定期轮换到边防服役或参与征战，同时在营内进行操练和训练。最后，还在长城沿线建立了镇守系统，这是永乐帝针对边界以北游牧民族入侵者的一项新战略。

此外，朱棣也削弱了其他亲王的权力，就像建文帝一样。他指控许多亲王有罪并清洗他们，他们的护卫被解散。在朱元璋时代，由于北京成为新的都城，南京的41支卫队合称为京卫，其中包括皇帝私人12支亲军和29支隶属于五个都督府的护卫部队。当朱棣将都城迁回北京时，他调动了一部分这些护卫部队至北方。在1420或1421年左右，北京所辖之物品包括原属北京都督府、南京以及诸王的旧有部队，以及来自其他省份调来的少数已解散部队。这批核心部队由22支护卫组成，它们包括燕山、原属北京都指挥使司16支中的7支，以及曾隶属于南京皇禁军12支。

改组过程中，大量的人口搬迁至北京及其周围地区。至少435个所，即明朝全部武装力量25-30%驻扎在这片区域，其中335个原本从其他地方迁来。如果按照前述计算，这些部署的人数约为251,000，但实际数字可能稍高。此外，一些士兵带着家眷生活，因此可以推断15世纪初期人口超过200万。这导致长时间驻扎于首都是居民数量显著增加，加剧了供养基本上依附人口的问题。

对于外患问题，从永乐八年开始，朱棣亲率明军进行对蒙古的大规模进攻，以彻底解决大元朝残余势力的威胁。他连续打击后，此后几十年里蒙古势力无法对明朝构成威胁。

接下来的战争

第一场与蒙古人的战争发生于1410年，当时他率领大军深入东蒙古，与马哈木的大帐交战于土剌河上游。在接下来的战斗中，使用炮火攻击瓦剌人尽管遭受重大损失，但仍迫使瓦剌人退却，该次战役仅持续不足五个月结束于8月回程返回京都。

第二次战争始于1414年四月，他再次亲统大军深入西蒙古，与阿鲁台交战并取得胜利。但阿鲁台继续向明廷进贡直至他的去世。而第三次和第四次战争分别始于1422年的四月及1433年的八月，都未能完全平息局势，最终由于病逼留下未解决的问题而告一段落。

安南问题

安南是一个文化上受中国影响强烈但自10世纪以来一直独立国家，对抗中国干涉早已习以为常。朱元璋1395年的祖训录把安南等国列为不征之国，但朱棣不同意这一看法，因其内部动荡威胁到安全于是想并吞安南版图。

陈季扩登基成为领导反抗运动，而沐晟虽派出两万援兵亦无功而返。

张辅再试图征服他成功夺回义安府城但叛乱仍延续三年直到陈季扩被俘。

李彬取代张辅时局势恶化因宦官要求增税加木材需求引发更多民众不满黎利自封为王用游击方式抵抗双方多度交手但均失败以乡村民众忠诚支持者身份坚持抵抗直到1469年黎利死去之后才逐渐平息下来导致二十二年的努力宣告失败引起继位者的严重问题最终决定撤离放弃布政司设置。