政治腐败
在明朝后期，政治腐败日益严重。皇帝权力集中，但却缺乏有效的监督机制，使得官员滥用职权、贪污腐化成风。例如，宦官专权成为一个重要问题，他们不仅控制了宫廷，还干预国家大政，对国事作出重大决策，这导致了国家行政效率低下和政策失误。同时，由于科举制度的僵化和人选选择上的偏颇，一些没有能力或不适合担任高级职务的人物却能通过考试进入仕途，从而造成了人才流失和社会矛盾激化。
军事弱势
明朝晚期军队实力也逐渐衰退。对外战争不断耗费财富，而内部维护秩序更是需要大量资源。在这期间，中央集权下的农民起义频发，如李自成领导的大顺军和张献忠领导的四川农民起义等，这些都是对明朝统治力量的一次又一次挑战。而面对这些内部威胁，明政府往往采取的是镇压手段，而不是解决根本问题，因此并未从根本上解决问题，只是暂时遮盖了症状。
经济困顿
经济方面，明朝也出现了一系列的问题，比如银本位货币制度导致银价飞涨，加剧了通货膨胀；农业生产停滞不前，不断加剧人口压力；商业活动受限于户籍制度限制自由迁移，加剧了区域间发展差距。此外，由于交通工具落后、运输成本高昂，使得商品流通变得非常困难。
文化隔阂与思想封闭
文化隔阂与思想封闭也是导致清除倒行其道的一个重要原因。在当时，中国正处在资讯交流的局限性之中，不少新思想、新知识无法及时传播到各地，更无法深入人心。这使得社会思潮僵硬，而且由于过分强调儒家学说，以至于忽视其他领域知识的学习和应用，如科学技术等领域长时间未有显著进展。
自然灾害与疾病爆发
自然灾害如洪水、旱灾以及疾病爆发（尤其是天花）等，都给予社会带来了巨大的冲击。当时的人们对于自然环境变化及其影响缺乏足够了解，没有有效防范措施，当遭遇突发事件的时候，大量生命损失加速了社会动荡甚至是政治体系崩溃过程。此外，由于医疗条件落后，对疾病治疗能力有限，即便是在较为平静的情况下，也可能会因为小规模疫情引起恐慌，有助推动更大的混乱发生。
