他是隋朝的官员，原本籍贯在巨鹿。他的祖父魏冲，在周朝为官，担任刑部大夫和建州刺史，所以把家安置在弘农。父亲魏毗曾任郁林县令。
开始时，他担任隋文帝的挽郎，后来历任冯翊书佐、武阳司户书佐等职，因为有才能，被调到贵乡县当县长。他处理政务清廉干练，不严厉，但能使社会安定。当时由于辽东战役，征税名目繁多，当地百姓承受不起，他们只在魏德深的这一个县，没有耗尽财力，可以互通有无，而生产生活没有受到干扰，是非常安定的地方。
盗贼群起，武阳等城多半被沦陷，只有贵乡独自保全。郡丞元宝藏收到诏令要抓捕盗贼，但每次作战都失利，还丢失器械，因此从百姓那里征讨，这样的情形多次发生。而魏德深则让大家各自看怎么方便就怎么修造器械，让官府里保持安静，不过负责营造器械的官吏不得超过其他县，也不能让百姓辛劳吃苦。
不久，他调任馆陶县长，那里的官方和百姓听说之后，都哭泣不已。当他到了馆陶，全境的人都像见了父母一样欢迎他。在那里，一位奸猾的员外郎赵君实因为害怕他而躲起来，从未敢出门。而那些逃亡的人们也回来了，就像是集市上的人流。贵乡和馆陶双方都请求留下魏德深，但最终两边达成共识，让贵乡继续由他管理。
元宝藏嫉妒他的能力，便命令他率一千士兵前往东都洛阳。不久，元宝藏带着武阳投降李密，而这些士兵都是武阳人，他们因思念亲人而悲伤哭泣。但有人劝他们归附李密，因为距离很近，却仍然坚持跟随魏明府一起返回。这显示了他们对他的忠诚程度。
最后，在与贼寇战斗中，他牺牲于战场上。两县的人们至今还怀念着这个爱民如子、英明果断的领导者。
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