政治腐败与中央集权的丧失
元朝自成吉思汗建立以来，实行严密的中央集权制度。然而随着时间的推移，元朝政治逐渐腐败。宦官、奸臣掌握了国家大权，他们贪婪无度，滥用职权，对外战争和内部管理都造成了极大的损害。尤其是至正年间（1341-1355），忽必烈之孙图帖睦尔即位后，与他的叔父也速迭儿之间争夺皇位，这场内战不仅耗费了大量的人力物力，还削弱了元政府对地方官吏的控制力，使得地方割据势力的扩张。
农业生产的大规模衰退
元初时期，由于地主阶级的地租政策以及土地分配不均等原因，农民负担重重，加上连年的自然灾害，如“黑死病”、“鼠疫”的爆发和多次干旱、洪水等天灾人祸，都导致农业生产出现大幅度下降。这不仅影响到了粮食供应，也加剧了社会矛盾，使得农民起义频发，最终演变成了对整个国家政权的一种威胁。
商业经济的衰退与通货膨胀
元代商业经济曾经非常繁荣，但在过度采矿、森林砍伐和环境破坏之后，当时的手段无法补偿这一损失，因此导致资源枯竭。此外，由于长期战争导致财政拮据，为了维持军事开支而发行纸币，而没有相应增加实际金银储备来支持这些纸币，从而引发了严重的通货膨胀问题。这一现象进一步削弱了元朝统治者的合法性，并加深了一部分人口对于封建制度以及专制君主统治方式的反感。
社会动荡与民族矛盾激化
元朝末年，由于长期征服各民族并实施汉化政策，不少被征服民族感到自己的文化被压迫，以及地位受损。蒙古族本身也由于内部矛盾日益显著，一些贵族之间互相斗争，同时还有一些部落因为生活困难而选择背叛中央政府。在这样的背景下，一系列反抗运动不断发生，其中最为著名的是朱元璋领导下的明室革命，最终成功推翻了元王朝。
外患加剧与边疆防御体系瓦解
元末年间，不断有外敌入侵，如察罕台吉率领蒙古部众攻打漠北地区，此外还有东南亚诸国如越南、日本等对中国进行海上攻击。而在此期间，边疆防御体系因为缺乏有效资金支持和人手不足，在面临如此多方面挑战的情况下，无力挽回局面，最终使得整个帝国防线开始全面崩溃，为后续更多内忧外患埋下伏笔。
