王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，1587年的万历十五年，不仅发生了多项决定性事件，也是中国封建王朝发展的一个关键时期。过去关于明史的叙述往往强调“税重民穷”，然而黄仁宇认为，这并非赋税过重所致，而在于法律与政府效能的低下。在两千年的历史中，以道德代替法制达到极点，黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，在于阐释这一观点。
明朝万历年间的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即便是万历帝自己，在这种体制下只能采取无为而治之策。这反映出一种强大的体制惯性带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，却尝试改革，最终失败，大多数人遭遇革职或入狱。一群文官为了维护集团平衡，使国家武备、科技革新和商业发展停滞不前。文官集团统治对大明王朝来说，无疑是一次不幸的开端，其与宦官集团夺权更是导致了帝国衰败。
历史上，万历十五年只是平淡的一年，但其中包含了一些容易被忽视的小事件，它们看似微不足道，但实际上却揭示了以前的大事结局，也预示着将要引发波澜的事机。这一系列因果关系恰恰是历史关注的焦点。在《万历十五年》中，通过描述几个关键人物，我们见证了这个衰落帝国的悲剧命运，最终这些帝王将相都被历史抹去。
尽管批评中国以道德代替法律已经在《万历十五年》中进行得很深刻——道德并不完美，不足以代替技术，更不能替代法律。他认为明朝特征在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年起，中国与西方之间的差距逐渐拉大！西方帝国崛起，而东方帝国开始走向衰落！
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