王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是一系列决定性事件的发生之地，但也可能被认为是平淡无奇的一年，即使在那一年中并没有任何值得一提的事物。然而，这恰恰是中国封建王朝发展的一个重要阶段。
过去关于明史的叙述几乎都围绕着“税重民穷”的主题进行，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律的缺失和政府效率低下。两千多年的中国历史里，以道德取代法制的情况到明代达到了极致。而黄仁宇写作《万历十五年的目的也是为了强调这一观点。
明朝万历年间的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有各自的特点，闪耀着光芒，并试图推动改革，但最终失败了，大部分人还遭受了革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家武备、科技革新和商业发展都陷入停滞状态。在这种文官集团统治下，他们对这个国家来说，无疑是一个不幸的开始，尤其是文官与宦官之间权力斗争，更是让大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年看似平凡，只是在这一年里，一些容易被忽略的小事件发生了，它们虽然似乎微不足道，却成为了导致后来重大事件爆发的大背景，同时也是未来波澜壮阔时期机缘所在。这些因果关系，就是历史上的重点。《万历十五年的内容通过描述几个关键人物，看到了这个即将崩溃帝国悲惨命运，最终由历史吓散了这些帝王将相留下的痕迹。
尽管对于中国以道德替代法律的问题，黄仁宇在《万历十五年代已经进行了深刻批判——道德非但不能取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝最显著特征就在于它依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透进帝国各个方面，无论从强度还是广度而言，都超出了前人所能想象的地步。
从此以后，那一年开始，不仅标志着中国与西方之间差距日益扩大，而且预示着东方帝国的衰落，同时西方帝国正在崛起。这场不可逆转的人类伟大变革，就这样悄然展开，在那悠长而又充满神秘力量的一天里，没有任何人能够预料到即将到来的巨变。
