王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是一系列决定性事件的起点。然而，这一年也被视作平淡无奇，或许连一件值得讨论的事情都没有发生，但它恰好标志着中国封建王朝发展的一个转折点。
过去关于明史的叙述中，“税重民穷”的说法几乎成为了共识，但黄仁宇提出，国家赋税过重并非导致民穷的根本原因，而是法律和政府效能低下的问题。中国两千年的历史，在明代达到了极致，即以道德取代法制。这本书正是要阐释这一观点。
在万历年间，明朝的重臣们，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人的故事都充满了悲剧色彩。即便是万历自己，在这种体制下只能选择无为而治。在这样的体制惯性下，每个人都有各自闪耀的一刻，但最终他们尝试进行改革却以失败告终，大多数人甚至遭遇革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技创新以及商业发展均陷于停滞。文官集团的统治给这个国家带来了不幸，而文官与宦官之间的权力斗争更是加速了大明王朝的衰败。
历史上看来，万历十五年只是平凡的一年，却隐藏着许多容易被忽略的小事件，它们看似微不足道，却其实揭示了前事后果和将来的机缘。这一系列因果关系正是历史研究中的重点。而通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲剧命运，最终让这些帝王将相成为历史尘埃。
黄仁宇在这本书中深刻批判了中国以道德代替法律的情况，他认为，这种做法既不可取，也无法替代技术，更不能替代法律。他指出，明朝之所以特立独行，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年开始，一场巨大的差距逐渐拉开：西方帝国崛起，而东方帝国走向衰落。
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