王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，或许看似平淡无奇，但它却是中国封建王朝发展的一个重要转折点。过去的历史叙述中，“税重民穷”的说法颇为普遍，但黄仁宇则认为，这仅仅是表面现象，其根本在于法律与政府的低效率。两千多年的中国历史，以道德取代法制至明代达到极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的目的，便是在于阐释这一观点。
在那一年，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即便是万历皇帝，在这种体制下，只能采取等待之策。这让人看到一种强大的体制惯性所带来的悲哀，每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，同时尝试进行改革，但最终失败，大多数人还遭遇了革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞。文官集团的统治，无疑对大明王朝而言，是一场不幸的开始，而文官与宦官集团之间权力斗争，更是加速了大明帝国走向衰败。
历史上，万历十五年虽然平凡无奇，却隐藏着若干容易被忽视的小事，它们看似微不足道，却实质上触及了前事的大纲，也预示着将来会引发更大的波澜。在这些事件间因果关系错综复杂，就成为了历史研究中的重点。而《万历十五年》通过描绘几个关键人物的情节，让我们见证了这个落幕帝国悲壮命运，最终那些帝王将相都化作尘埃。
尽管对中国以道德替代法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非无用，它不能替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特征之一，就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。
从那一刻起，当西方帝国崛起之际，我们发现东方帝国逐渐失去活力，那份差距越来越显著！
