国本之争的深远影响：从明神宗的怠政到朝局混乱
国本之争对万历时期产生了极为深远的影响，首先是皇权事实上大幅度下降。明神宗长期不理朝政，以至于对内阁和地方官员缺乏干预，使得晚明正常运作面临巨大的挑战。而他又通过敛财的手段，大量派遣矿监和税监，这些措施严重侵害百姓利益，最终激起民变。
其次，国本之争也是造成明末党争重要原因之一。由于明神宗对于储位的模糊态度，导致官场中的人物开始猜忌，他人，不断揣摩政局，从而形成宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派之间的公开斗争。这一情况进一步加剧了晚明政治上的混乱，并成为后来三大案件爆发的导火索，其结果是政府行政效率的大幅下降。
再次，由于希望掌握绝对权力，同时放任缺官不补，使得内阁势力受到削弱；同时，由于长时间居住在深宫里不理朝政，司礼监的地位自然得到提升；而郑贵妃宠爱使外戚势力得到增强。此时出现了一种现象，即内监以郑贵妃为主的事态。
随着皇帝怠情昏庸，廷臣之间不断发生攻讦与斗争，而政府机构也变得松散。言官因为对朝政不满，他们频繁地向皇帝上疏，并抨击当下的政治状况，这样一来，他们的地位也得到了提升。在地方上，对仕途失去了单一标准依据，“山人”群体逐渐出现，并且文人关注时事，最终有了东林书院，被称为东林党。最终，有民变事件，一直到后金兴起，都代表了地方势力的崛起。
在数十年的斗争中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统继承原则，稳定社会秩序，并制衡皇权以及弘扬正义等方面发挥了非常关键作用。“国本之争”，决定了万历以后中国历史走向，是晚清最具影响的一件事件之一。
关于“国本之爭”，即便是现代史学家，也未能给予这个悲剧人物公平评价。她被后世所唾弃，就连研究者们对于此主题上的看法，也多站在万历一代臣子那边似乎她天生就该安分守己做任人宰割的妃嫔，而不是要做皇后的野心家；而万历应该与王恭妃恩恩爱爱，不应有真正的情感。这类观点往往基于一种僵化保守思想，没有公允性，只不过是常见的人云亦云思想，它们让原本已然分明无疑的事实，再次蒙上了难以辨认的地层锈迹。
