国本之争的深远影响：元代社会的政治与文化变迁
在万历年间，国本之争对明朝政局产生了持久且复杂的影响。首先，这场争论导致了皇权事实上的削弱。明神宗不仅对朝政漠视，即使是内阁和地方官员缺位的问题，也被他忽视。这一状况严重破坏了晚明时期的正常运作。此外，他还大力敛财，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的困扰，从而激起民变。
其次，国本之争也是促成了晚明形成党争的一个重要原因。在储位问题上，明神宗表现出了模糊态度，使得官员们开始揣测和猜疑，这导致了宣、昆、齐、楚、浙五党以及东林党两大派之间的公开斗争。此后，东林党又与阉宦势力的斗争加剧，为了一己私利，不惜牺牲国家大义。这一混乱局面进一步削弱了政府行政效率，并成为后来的三大案件中的关键因素。
再者，希望独揽大权但又放任缺位未补，让内阁势力受损；长时间居住在宫中不理朝政的情况下，使得司礼监的地位得到提升；同时，由于郑贵妃获得宠爱，其家族地位也得到提升，同时出现了内监以郑贵妃为中心的情形。
由于皇帝怠政昏迷，对廷臣进行攻讦，加剧了政府机构涣散状态。言官利用对时政不满，上疏抨击时政，他们的力量也因此得到增强。而地方上的仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体开始出现，此后有东林书院文人关注时事，最终有“东林党”之称。万历末年的民变乃至最后后金兴起，又代表着地方势力的崛起。
在这场长达数十年的斗争中，言官作为一个团结起来维护正统继承原则、稳定统治秩序以及弘扬官僚正气这一重要力量发挥作用。“国本之争”，决定了万历之后明朝走向，并在一定程度上加剧了晚明三大案件爆发，是晚明历史最具影响的一次事件之一。
关于“国本之爭”的历史辩论曾经将青春和爱情都献给过的是郑皇贵妃，她一直遭到了后人的唾弃，即使是史学家也不太会给予这个悲剧性人物公平评价。“女人乃祸水”，同样是对郑皇贵妃结论。在这一主题上，还有大量历史研究者站在万历一朝臣僚那边观点依然坚守，以一种僵化保守的人云亦云思想驱动，无疑失去了公允性，有损于那些原本已经分清是非难以辨认的地史，再次蒙上了难以消除的锈迹。
