国本之争的深远影响：从明神宗的昏庸到社会动荡
国本之争不仅对万历时期产生了重大影响，首先是皇权事实上下降。明神宗长时间不理朝政，对内阁和地方官员缺乏管控，这导致了晚明政治体系的严重破坏。同时，他大力敛财，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的压迫，激发了民变。
其次，国本之争也是导致明末形成党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位的模糊态度，使得官场和地方的人物开始猜忌，不断揣摩政局变化，从而出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派之间的激烈斗争。这场斗争使得政府行政效率显著下降，并成为后来的三大案之一。
再者，明神宗希望独揽大权，同时放任缺官现象未解决，使得内阁势力受到削弱。而司礼监因拥有“批红”的特权，在这特殊时期地位自然得到提升。此外，由于郑贵妃的地位，她所在家族实力的增强也不可避免。
皇帝怠政引起廷臣间的攻讦与斗争，加剧了政府机构涣散的情况。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的声音也因此得到加强。而地方上仕途失去了衡量人生价值唯一标准，“山人”群体出现后，有了东林书院文人关注时政，最终有了东林党这一称呼。万历末年的民变乃至最后后金兴起，也反映出地方势力的崛起。
在朝臣与明神宗数十年持续不断的斗争中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统皇位继承原则、稳定统治秩序以及弘扬官方正气等方面发挥巨大的作用。“国本之争”，决定着万历以后中国历史走向，是晚清最具影响事件之一。
关于国本之争，有些学者认为这是由郑贵妃引发的一系列悲剧，但这样的观点被认为是不公平且过分简化历史。这些看法似乎假设郑贵妃天生就该安分守己，而不是有能力参与国家事务；同时，又假设万历皇帝应该专心王恭妃而非真爱他人，这些论断基于僵化保守思想，没有给予此问题充分考虑，因此有失公允，将原本复杂多面的历史再次蒙上了难以辨认的迷雾。
