国本之争的深远影响：从明神宗的昏庸到社会动荡
国本之争不仅对万历时期产生了重大影响，首先是皇权事实上下降。明神宗长时间不理朝政，对内阁和地方官员缺乏管控，这导致了晚明政治体系的严重破坏。同时，他大力敛财，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的压迫，激发了民变。
其次，国本之争也是导致明末形成党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位的模糊态度，使得官场和地方的人士开始猜忌，不断揣摩政局变化，从而出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派之间的激烈斗争。这场斗争使得政府行政效率显著下降，并成为后来的三大案所必经之路。
再者，明神宗希望独揽大权，同时放任缺官不补，使得内阁势力受到了削弱；他长时间居住在深宫中，不理朝政，让司礼监在特殊情况下的权力得到提升。而外戚郑贵妃因宠爱而获得实力的发展，加上内监以她为主导的情况，也进一步巩固了她的地位。
皇帝怠政且昏庸，而廷臣间不断进行攻讦与指责，加剧了政府机构的涣散状态。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的声音也被广泛听取并得到支持；地方上的仕途标准也不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体出现，并最终有东林书院文人关注时政，最终被称作东林党。万历末年的民变以及最后后金兴起，更反映出地方势力的崛起。
在这漫长数十年的斗争过程中，言官作为一股力量，以集体行动维护正统继承原则稳定统治秩序，以及制衡皇权弘扬正气方面发挥着关键作用。“国本之争”，决定了万历之后明朝走向，即成为晚明三大案诱因，在一定程度上加剧了党争形成甚至加速了灭亡，是晚明历史最具影响事件之一。
关于“国本之爭”的历史研究仍存在多种观点，有些学者认为郑贵妃是一个祸水，但这样的评价并不公平。在这个主题上，还有许多研究者站在臣僚这一边，其观点依然站立于万历一朝臣僚面前。
似乎郑贵妃天生就该安分守己做任人宰割的妃嫔，而不是做皇后的非分想；而万历皇帝天生就该与王恭妃恩恩爱爱，不应有真正的情感。这类论断往往基于一种僵化保守思想，无疑失去了公允性，为一个原本已经难以辨认的地史再次蒙上了难以磨去的地锈。
