国本之争的深远影响与历史争议
国本之争对万历时期产生了深远的影响，首先是导致皇权实质性下降。明神宗长时间不理朝政，使得内阁、地方官员缺位现象无人关注，这极大破坏了晚明正常运作，并且通过敛财手段，如派遣矿监、税监，损害百姓利益，最终激发民变。
其次，国本之争是造成晚明形成党争重要原因之一。由于明神宗对于储位态度模糊，使得官场和地方上的人们开始猜测政局混乱，不断出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗。后来东林党与阉党之间的斗争更是导致了一系列严重事件，为国家大义牺牲一己私欲，这种局面使得政府行政效率显著下降。
再次，希望独揽大权而又放任缺官不补，使得内阁势力受削；长时间居深宫不理朝政的情况下，司礼监地位上升；郑贵妃宠爱所致外戚实力增长，以及内主现象出现。此时言官因对朝政不满，上疏抨击时政，他们的实力也得到提高；同时地方仕途标准发生变化，“山人”群体出现，文人关注时事，最终有了东林书院和东林党称号。而后金兴起以及民变，更代表了地方势力的崛起。
在这数十年的斗争中，言官作为一个力量，以群体行动维护正统继承原则稳定统治秩序，并制衡皇权弘扬正气发挥重要作用。“国本之争”，决定了万历以后的走向，是晚明三大案诱因，在一定程度上加剧了党爭形成，加速了明朝灭亡，是晚 明最具影响事件之一。
关于“国本之争”的历史研究，还有众多学者站在臣僚一边持不同观点。似乎郑贵妃天生就该安分守己，而不是做皇后；万历皇帝应该与王恭妃恩爱，而不是真正的情感。这类论断出于僵化保守思想，无疑失公允，让历史再度蒙上难以辨认的锈迹。
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