在明朝帝王年号的历史长河中，都司卫所扮演着重要角色，这种军事机构由洪武初年建立，最初名为都司、行都卫，后来逐渐固定下来。明朝共有十六个都司和五个行都司，以及两个留守司。每一个布政使司（即行省）下设有一个都司，其军事长官称为都指挥使，与布政使同驻一城。
山东的都司治于济南府，浙江的则治于杭州府，而江西、福建、湖广、山西、陕西等地的都 司分别治于南昌府、福州府、武昌府、大同府和西安府。四川和广东则分别治于成都是和广州市。而云南的大宁市先是在大宁卫（今辽宁宁城西）设置，然后移至保定府；辽东则在定辽中卫（今辽阳）设置；万全则在宣州左卫（今河北宣化）；奴儿干则在特林地区。
除了这些，都有五个行都司分布在“边境海疆”之地，如陕西行，都司治甘州卫（今甘肃张掖），山西行，在大同府，而福建行，则设立在建宁府（今南平）。四川及湖广也有各自的行，都 司。在这之后，又出现了两处特别设立的地点：凤阳留守局以保护皇陵而存在，并且嘉靖时期还出现了兴都会留守局，以此类推。
明代的地方最高军事机构是所有地方上级军事机构，它们直隶京师五军总督下。此外，还有一些特殊类型如屯田千户所或群牧千户所，他们主要从事农牧业活动，与其他类型相似，但品级相同。这套系统曾经被《明史-兵志》记录，其中显示洪武二十六年全国共计三百二十九个内外部防御组织加上六十五处守御千户所。但到了末年，该体系已经扩展到四百九十三个单位，加上二千五百九十三组合成全部拥有三百零十五处守御千户所。
这个系统不仅对抗侵略，而且维护国内秩序与统治稳定。在留守局方面，只负责皇家陵墓的安全工作，不参与其他任务。此外，由国家拨给耕牛进行农业生产并进行训练，但并不直接联系地方政府。当边境地区人口增多时，这些士兵与当地居民融合，从而需要将管理民众的事务纳入他们职责范围，使得这种制度最终转变为一种行政区划形式，被称作实土卫所，有些甚至具备一定程度的地理意义。
然而，在《明史-地理志》的记载中，大部分无实土，因为它们位于城市内部，没有足够面积用于农业生产，因此只能依赖中央供给其物资需求。而那些具有实土的是因为居住的人口较少或者可以提供更多土地用于耕作。因此，这样的制度虽然起初设计出色但最终因屯田制度废弛导致其失去作用，最终导致它无法有效抵抗外敌入侵或维护国家稳定。
