明朝鼎盛时期的疆域面积，在永乐年间达到了接近1000万平方公里的辽阔，然而到了明朝后期，这份控制力逐渐衰退，导致国土失去不少地区。尽管明朝军事力量未曾削弱，但为何能被周边小国轻易侵占？主要原因便是探寻于内政。
在了解明末风气之前，让我们先来回顾一下新疆这片土地自唐以来就一直处于混战之中。元朝时期西部领土留下的哈密，以及哈喇火州等地，即使在大明初年仍旧属于其统治范围。但哈密及以西地区始终未能安宁。
“封疆之狱”则成为了一个分水岭，它揭开了明朝对新疆部分区域控制力的裂痕。在嘉靖初年，吐鲁番不断骚扰肃州等地，而当时的内争更是激化了这一问题，最终导致甘肃巡抚陈九畴等四十余人遭受处罚。此后朱厚熜采纳几位臣子建议，将王琼起用，并将王宪调任南京兵部尚书参与军机讨论，而王琼则接替王宪成为三边总督。
随着时间推移，那些因“封疆之狱”而升迁高位的大臣，对吐鲁番问题缺乏兴趣。直至嘉靖八年，当局改变了恢复哈密政策，对吐鲁番并无所动心。然而，哈密对于大明至关重要，因为它保护了甘肃和陕西，如若放弃，将可能丧失更多领土。而对于西北一隅，每寸土地都值得慎重考虑。
许论认为收复哈密面临两个难题：首先，是人口稀少且难以长久驻守；其次，是没有像他父亲那般有能力率兵深入。这外，又指出四个不能急于收复理由：首先、战略位置不再那么关键；其次、居民已无归乡意愿；再次、失去此地只是敌人勒索工具；最后、当地部落残破，不必恢复原貌。
基于以上考量，虽然半世纪多年的动荡后哈密暂获平稳，但实际上反映了 明朝在西域政策上的失败与不足。当吐鲁番崛起，却偶尔向大明进贡，并非完全敌对状态，其间歇性帮助抵御强邻如瓦剌入侵展现了一种历史矛盾与巧合。不过，从丝绸之路到郑和下西洋的大规模交流活动，从保守政策到清洗内部权势者——一切皆源自“封疆之狱”。
