明朝建立之初，首都选址在北京，这一选择不仅因为地理位置的便利，更重要的是它象征着对汉族文化和传统的继承。然而，随着时间的推移和政治、经济等多种因素的变化，明朝政府也进行了多次调整，以适应国家发展需要。
第一次设立南京为都是在洪武年间，当时朱元璋为了巩固自己的统治基础，并且要整合各地军队，将首都是从北京迁移到南京。在这段时期内，朱元璋加强了中央集权，同时采取了一系列措施来巩固自身政权，如清除异己、改革税制等。这种转变有助于稳定地方势力，为后来的统一提供了坚实基础。
第二次设立南京为都发生在正德年间，由于当时北方战乱频繁，加上蒙古部落不断侵扰，使得北京地区变得非常不安全。这迫使明成祖再次将国都迁往南京，以此作为避难所，并加强防御体系以抵御外敌入侵。在此期间，他还修建了许多城市防御工程，如长江水道、城墙扩建等，以确保国家安全。
第三次设立发生在嘉靖年间，是由政治斗争导致。当时的一些皇帝如嘉靖帝，他面临着宫廷斗争以及外患双重压力，在这样的背景下，对国内稳定和国库充实有很高要求，而南京相对于北方更加接近海运贸易中心，有利于控制海上交通线路，从而减少盗贼活动并提高财政收入。
除了这些具体原因之外，还有一些不可见的手背后的政策决策，也对这一过程产生了深远影响，比如过度依赖奴婢制劳动力的社会结构，以及农业生产能力限制，都对人口分布造成了一定的影响，最终促使一些皇帝选择将首都迁往位于长江中游的大都市——南京。
总结来说，明朝几个世纪里设立南京为都会是出于各种复杂历史条件和政治考虑，它反映出了一个王朝如何通过大规模的人口迁移来重新塑造其版图，并试图实现更有效率、高效率的地理管理。尽管如此，这种行为同样带来了诸多挑战，比如人群聚集引发疾病流行，以及经济上的巨大负担。但无疑，它们也是中国封建社会史上极具标志性的一环，对后世也有着深远的影响。
