浙江人氏王生，性好奇谨慎。一次，他去金华考试，天色黄晕，无处可住，便见一寺院，大殿、宝塔壮丽，但蓬蒿高过人身。王生觉得这里久无人来，房子未打扫，门上纸破、桌布满蜘蛛网。他铺枯草作床，将桌擦干净放书。
夜晚凉风拂过，他听到了一个年轻女子柔声呼唤，便答应了。美女的脸露在墙头，她微笑便隐去，使王生感到高兴。老和尚来访眉头紧皱，如有危险事发生。王生问何为之深夜至此，不语，却长时间打量他。王生发呆，说要离去，但老和尚最后开口：“你遇到怪事吗？”王生否认，但想刚答应陌生姑娘，其实是怪事。此时他迷惑不解，对老和尚说：“您有话直说。”老和尚猜测他遇妖怪而问。
这个胆小的人从不信妖魔论。但这老和尚似乎能看透心思：“我知施主不信，但我希望施主能将今晚的事说出来。”于是，王生的遭遇如实告诉了老和尚后，这位僧人面露惊色。
恐慌中求救于老和尚，他向其说明一切情况。这时，那个古代修行者露出难以置信的表情，说：“你遇到了美女蛇。这类蛇若有人答应，它会在深夜前来吃掉那个人。”因此，被吓得跪地求救于这位修行者。在他的指引下，一种特殊物品可以治愈这种毒害之物——飞蜈蚣。
被赐予木盒后，那个苦学书生的内心充满了疑惑与担忧，因为他知道这个盒子上的图案刻着水纹，还刻有一只蜈蚣捉蛇的形象。不过，在一番挣扎之后，他依照僧人的叮嘱，将木盒放在枕边，并试图安静地入睡。
半夜，当听到屋外草丛中的沙沙声响起，本就令人毛骨悚然的声音，再加上之前所听到的警告，更让他的心情变得焦虑不安。不幸的是，那声音终于消失，只留下空虚与恐惧。而就在这一刹那间，一道金光从枕边飞出，然后又回来了；沙沙的声音也随之消失。当那个飞蜈蚣再次返回时，所有的一切都平息下来，而那个苦学书童最终陷入了梦乡。
第二日早晨，当那些走路匆忙寻找庙宇的小伙伴们发现他们朋友并未回来，他们开始担忧起来。一名智慧勇敢的小伙伴决定带领大家前往寻找，并最终找到了一座荒废多年的庙宇。在那里，他们发现一个孤独的小伙子正坐在石凳上，看样子像是已经很久没有休息过。他对他们讲述了自己的经历：曾经在这里遭遇了一场命运般的危机——美女蛇追杀自己，最终得以逃脱归巢，用“美女蛇”一词形容那些以姿色诱人的女人或外表漂亮但内心狠毒的人，从此以后，这座古庙再也没有出现任何关于美女蛇的事情。
