文化大灭绝：明朝末年，随着战乱和外侵，许多珍贵的文化遗产遭到破坏。著名书籍、古画、瓷器等被焚毁或流失，这一时期被称为“文化大灭绝”。这不仅是对中华文化宝库的一次巨大的损失，也是明朝文治与繁荣的一个缩影。
北方民族入侵：从16世纪开始，蒙古部落首领努尔哈赤统一了满洲各部，建立了后金政权，并不断向东进攻，最终在1644年攻陷北京。李自成起义军占据京城后，由于内部矛盾严重，加之北方民族的持续威胁，最终导致了清朝的成立和明朝的覆亡。
经济衰败：由于战争频繁、财政亏空以及农业生产力低下，明朝经济逐渐衰败。这导致了物价飞涨、人民生活困难，以及社会秩序混乱。国家财政依赖于土地税和银两制，因此当这些基础产业受损时，全社会都受到影响。
政治腐败：政治上，由于宦官专权、贪污腐败问题严重，使得政府管理效率低下，对抗外敌和内忧无力。此外，从朱棣到崇祯帝，一系列皇帝过度专权而忽视群臣意见，加剧了中央集权下的决策失误。
军事弱化：随着时间推移，明军战斗力日益下降。制度上的弊端，如八旗制度（实行奴隶制）无法适应时代变化，而将领们往往因功高施诈而互相倾轧，这些都削弱了国家防御能力，使得面临内忧外患的情况变得更加危险。
社会动荡与民变：天启年间爆发的大规模饥荒加剧了民众不满情绪，不少地方出现农民起义，如李自成领导的大顺农民起义，其旨在推翻腐朽的封建王 朝并建立一个平等公正的小康社会，但最终未能成功引导历史走向更好的方向。
科学技术停滞：虽然有科学家如徐光启提出了改革农业生产方式，但整体来看，在科技创新方面缺乏深入探讨与发展。这使得中国在世界科技竞争中落伍，同时也限制了一些可能解决国计民生的新技术应用。
外交关系恶化：在南京初年的早期，对日本及其他周边国家采取了一种排斥性的政策，同时对于西班牙人及其传教士进行镇压，这种隔阂政策加剧了与欧洲列强之间的冲突，有助于形成反对中国主张独特性质货币单位铅锭（现洋）的国际环境，为清除异己提供了解决途径却反过来加速其自身崩溃速度。
法律法规漏洞百出：“一刀三割”、“土司制度”的弊端一直未能得到根本性的改善，这些法律漏洞让地方势力的扩张成为可能，并进一步削弱中央集权，使得有效管控整个帝国变得极为困难。在这种情况下，当局试图通过增加监察措施来补救，却又造成更多冗长复杂的问题，从而进一步削弱政府效率和信任度。
地理位置易受攻击：作为亚洲的心脏地带，被四面环山且多水资源丰富的地理环境使得防御工作非常艰巨。而且位于长江流域地区易受洪灾侵袭，再加上山海形态错综复杂，更容易成为自然灾害频发的地方之一，这些自然条件本身就决定了一定程度上的安全挑战。
