王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。然而，这一年既充满了决定性事件，又可能被视为平淡无奇，甚至有些事物似乎没有足够的重要性，但它却是明朝历史上一个极其关键的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到“税重民穷”的现象，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府效能问题。中国两千年的传统以道德代替法制到了明代达到了顶峰，而他写作《万历十五年》的目的是为了强调这一观点。
在万历年间，大批重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即使是当时的皇帝，也只能选择无为而治，在这种体制之下无法施展拳脚。由此可以看出一种深厚体制惯性的悲哀，他们每个人都各有特色，发光发热，同时也尝试进行改革，但最终失败，大部分人还遭遇革职或入狱。一群文官为了维护整个集团利益，使得国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。而文官集团的统治对于大明王朝来说，无疑是一次灾难性的开始，加上宦官与文官之间权力斗争，更是导致了大明帝国迅速衰败。
历史学家们往往会忽略那些看似不起眼的小事，却忽略了它们其实关系紧密，与前世后世息息相关。这些事件虽然表面上只是小插曲，却实际上揭示了这个崩溃帝国未来的命运，以及这些帝王将相注定的结局。在《万历十五年》中，我们通过对几个关键人物描述，看到了这个走向末路的大明朝悲壮命运，以及历史如何让这些君主和高级官员最终消失。
尽管黄仁宇在书中已经详细批判了中国依赖意识形态而非技术与法律来进行统治，他认为这是 明朝特征之一——意识形态渗透至帝国各个方面，从强度到广度都是前所未有的。在那一年之后，中国与西方之间的差距越来越显著；西方帝国正在崛起，而东方则正在衰落。
