在孙传庭的一生中，农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年（1635年）。这一年的秋天，孙传庭出任验封郎中，后又越级升为顺天府（今北京市）府丞。崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治。
孙传庭到任后，令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，孙传庭在陕西周至的黑水峪之战中了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠、刘国能等17部进兵渭南。孙传庭急忙联络河南明军对起义軍进行围追堵截。
崇祯十年（1637年）初，马进忠等部再渡西折入陕，将通向澄城时，孙传庭指挥其部分五路合击该 起事 军于杨家岭、黄龙山一带，再败李自成以十八骑遁走。至此，大破群贼，为国家除害，不仅巩固了中央政权，还显示出自己的智慧和勇气。
然而，在主持陕西方面的事务期间，对抗农民大乱并非易事。在此过程中，他与杨嗣昌等人就如何彻底解决问题产生分歧。由于这些分歧，最终导致了他被陷害入狱。但他的名字和行为依然成为那个时代人们讨论的话题之一。
随着时间推移，当新的挑战出现时，如清兵入侵，他仍旧站出来应对。在一次次战斗之后，他不仅保卫住了京城，也留下了一段传奇般的人物形象。这不仅体现出了他的英勇，更是展示了一位伟大将领应该拥有的坚韧不拔和无私奉献精神。
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