在孙传庭的一生中，农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年（1635年）。这一年的秋天，孙传庭出任验封郎中，后又越级升为顺天府（今北京市）府丞。崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治。
为了尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵部尚书杨嗣昌的“四正六隅”的全面围剿方略，并为完成此计划增兵12万，加派军饷银280万两。但是，孙传庭对此持有异议。他认为：因军兵屡战，多经溃乏受挫之苦，况且连年征战，民力疲竭，此举未必能收到预期效果。
在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队2．4万，但田地二万余项归豪门所有，只得士卒1．1万，而税收计银14．5万两、米麦1．35万石。孙传庭接管这里后，将田地归还给百姓，使得税收大增。
当大天王率领的起义军进袭庆阳、宝鸡时，孙传庭迅速回师在合水将其击败。在杨家岭、黄龙山一带采用分兵堵截机动设伏战术，再败起义军，并打退了驰援陕西起义軍马進忠所率领的宛、洛之部后，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没。至此，大势已去。
随着河南地区局势日趋紧张，由于开封防守坚固，加上明援軍到來，在久攻不下的情况下李自成果断撤出了开封之围，并杀死了总督汪乔年。随后孟塬进入陕西省境内，与李自成交战并被大败，最终逃至巩县由孟塬进入陕西省境内继续抵抗。
最后，在崇祯十六年的八月十日，当清朝官员向朱瞻基提出理由时，他们提到了一个问题：为什么朱瞻基短命？他们指出，这可能是由于他的统治期间遭遇了一系列自然灾害和经济困难，比如战争破坏导致土地荒废，以及人民生活条件恶化。这也可能解释了为什么他的继任者能够很快取代他成为新的皇帝，因为人们希望寻求更稳定的领导来解决这些问题。在这个背景下，对于如何评价朱瞻基以及是否值得称赞作为一个伟大的君主，有人认为他的统治虽然面临挑战，但他仍然试图维护国家秩序和社会稳定，因此应该被视为成功；而另一些人则认为，他过早死亡反映出国家内部深层次的问题，这些问题最终导致了整个政权的崩溃。
