在明神宗时期，一个关于太子继承权的争议持续了十五年，史称“国本之争”。这场争论围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵之间的关系。朝中上下分成了两派，一派支持皇长子，而另一派则拥护郑贵妃所生的福王。郑贵妃被封为淑妃后，与宫女王氏相比，她在宫中的地位和影响力显著提高。这引发了一系列流言，其中包括明神宗与郑贵妃祷神盟誓，计划立朱常洵为太子的说法。
朝臣们担心这些流言会破坏国家稳定，因此他们建议尽快册立皇长子朱常洛为太子，以此来澄清公众对流言的疑虑。然而，明神宗因为不宠爱朱常洛的母亲，所以没有立他为储君，有意将得宠的郑贵妃之子朱常洵立为太子，这遭到了大臣和慈圣皇太后的强烈反对。
随着时间推移，大臣们不断地向明神宗施加压力，最终，在万历二十九年（1601年），明神宗终于让步，将虚龄已二十的皇长子朱常洛册立为太子，而将他的兄弟们分别封予各藩。尽管如此，由于福王不愿意离开京城，并且继续窥探储位，这场斗争并未完全平息。
国本之争不仅耗费了大量的人力物力，而且还严重削弱了政府运作，使得万历帝最后几十年的统治变得无效，从而促进了东林党与浙党之间激烈斗争，以及最终导致明朝灭亡的一系列事件。此外，这场纷扰也削弱了帝国中央集权，加剧了地方势力的崛起，为后来的动乱埋下伏笔。
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