的深层原因
起因
在万历九年，明神宗在慈宁宫宠幸宫女王氏，生下皇长子朱常洛。然而，这段关系并未被官方承认，因为当时太后不在，明神宗才勉强承认这是自己的行为。王氏受孕后，太后询问皇帝，皇帝起先不承认，是由内侍取《内起居注》查看才勉强承认的。之后王氏被封为恭妃，而这段关系对朱常洛造成了冷落。
朝臣拥护朱常洛
随着郑贵妃与明神宗之间的关系日益加深，她生下的儿子朱常洵也开始得到更多关注和宠爱。这导致群臣对于立储的问题产生了分歧，有人认为应该立长子为储，而有的人则主张立得宠儿子的政策。此时，大臣们按照明朝册立长子为太子的原则，大多数支持皇长子朱常洛，被建议立为太子。但是由于明神宗对此持怀疑态度，他迟迟不愿意做出决定。
三王并封之礼
到了万历二十一年（1593年），明神宗终于决定将三个儿子同时封王，以便于选择一个作为继任者。但这种做法遭到了大臣们的反对，他们认为这样会削弱新任者的合法性，最终这个计划没有实施。
立常洛为太子
直到发生“第一次妖书案”，指控郑贵妃要篡夺储位，此事件激化了朝廷内部矛盾，最终，在慈圣皇太后的干预下，以及首辅沈一贯的劝进下，明神宗在万历二十九年（1601年）同意让步，将虚龄已二十的皇长子朱常洛正式册封为太 子，其弟皆被分别封予各地，并非传统意义上的嫡系继承人。而此举，不仅解决了当时政治危机，也标志着国本之争最终以一种方式达成了妥协。
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