元朝政治中心偏移问题
元朝建立后，忽必烈在大都（今北京）设立了首都，但实际上的政治中心逐渐向南京（今北京附近）的行宫迁移。这种政治中心偏移导致了中央集权的弱化，同时也减少了对北方边疆地区的关注和投资，从而使得元朝北部边境长期处于不稳定状态，难以有效防御蒙古、察合台等民族的侵扰。
元代文献资料损失严重
由于多次战争和社会动荡，元代大量文献资料遭到破坏或丢失。尤其是在明军攻占大都后，许多重要的史料被烧毁或遗失。这些文献包括官方记载、民间传说以及学术著作，这些都是研究元代历史不可或缺的证据材料，其消失进一步加深了我们对这个时期了解的局限性。
明清两代对于元史评价低下
明清两代对于前辈文人的作品持有较高评价，而对于元曲则普遍认为是“奇书异卷”，缺乏正统文学风格，因此，对于元朝时期的人文成就持有较为负面的看法。这一观点影响到了后世研究者们的心态，使得他们在研究中更加侧重于分析其他时期，而忽视了元朝文化与艺术方面独特之处。
对外交关系复杂多变
作为一个由不同民族组成的大帝国，元朝内部存在着汉族与蒙古族、色目人之间尖锐的地理文化差异，这种复杂背景导致外交关系异常敏感。在与各国交往中，由于语言障碍、信任问题以及利益冲突等因素，不少重要文件可能未能得到妥善保存或者被篡改甚至销毁，从而形成了一种错综复杂且不易解读的情形。
元末农民起义频发
从红巾军到朱棣夺取皇位并建立明王朝之前，一系列农民起义不断发生，其中一些如红巾军运动更是席卷全国，有些甚至直接威胁到了政府机关。在这场纷乱之中，无数珍贵文物和档案资料无疑遭受了巨大的破坏。此外，在起义平息之后，因为政权更替，大量原来的官府记录也随着新政权成立而消亡，加速了一切关于此前的历史记载的淡忘过程。
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