王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，是一个决定性的一年，但也可能被视作平淡无奇甚至毫无重要意义。然而，它正是中国封建王朝发展的关键时期。
过去关于明史的叙述几乎都将其描述为“税重民穷”的时代，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而在于法律缺失和政府能力不足。两千年的历史中，以道德取代法制达到极点，在明代达到顶峰，他通过撰写《万历十五年》旨在阐述这一观点。
在这个时期，大明朝中的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都以悲剧收场。这包括了万历帝自己，被束缚于文官集团体制之下，只能采取等待而非主动作为的态度。在这种强大的体制惯性影响下，每个人的努力最终导致失败，很多人还遭遇了革职或入狱的命运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备现代化和科技创新受阻，同时商业发展也陷入停滞。文官集团的统治对整个国家来说，无疑是一个不幸的开端，文官与宦官之间权力的斗争更是致使大明王朝走向衰败。
历史上，这一年看似平凡，却隐藏着容易被忽略的小事，这些事件虽小却成为了后来大事件发生的心理预兆，也是未来会引发震荡的种子。它们之间复杂的情因果关系，是历史研究中的核心议题。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的深入描绘，我们看到这个崩溃帝国不可避免的地悲剧命运，最终这些帝王将相们所依托的事业也随时间消逝。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了中国以道德替代法律的情况——道德并非无敌，不足以替代技术，更不能替代法律。他指出，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到了帝国各个角落，无论是在强度还是广度上，都达到了前所未有的水平。
从此开始，中国与西方之间越来越显著的大差距，一边是西方帝国正在崛起，一边是东方帝国则步履蹒跚地向衰退迈进。
