国本之争的深远影响对万历时期产生了重大影响，首先是导致了皇权事实上的削弱。明神宗忽视朝政，长时间不理政务，导致内阁和地方官员缺乏稳定的人事安排，这极大地破坏了晚明朝廷的正常运作。而他还频繁进行敛财活动，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的负担，最终激发民众的不满与反抗。
其次，国本之争是推动晚明形成党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位继承人的态度模糊，不断出现猜测和揣摩，使得官场及地方上的人士开始公开或隐秘地参与政治斗争。这促进了宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的激烈竞争，以及后来的阉党与东林党之间的冲突。这种局面严重削弱了政府的行政效率，并为三大案（南京案、北京案、山西案）的爆发埋下种子。
再次，由于明神宗希望掌握绝对权力，同时放任缺官现象未得到解决，因此内阁势力受到了削弱；同时，由于他的长时间居住在深宫中不理朝政，他所信任的大臣如司礼监掌握着批准文书红章（即“批红”的权利），这使得他们的地位获得提升。此外，由于他的宠爱郑贵妃，她及其家族的地位也迅速膨胀，即便有外戚拥有实际控制权的情况发生。
皇帝怠慢政务而沉迷私生活，与此同时廷臣间不断发生攻讦斗争，加剧政府机构内部分裂，而言官则因为对时局不满不断向皇帝上疏抨击时政，他们在维护正统继承原则以及制衡皇权方面扮演了一定的角色。此外，这一时期还出现了一群名为“山人”的学者，他们关注政治问题，并最终形成了以东林书院为中心的一股思想力量，有时候被称作东林党。在万历末年的民变爆发以及后金入侵之前，一些地区的地方势力也逐渐崛起。
通过数十年的斗争过程中言官们以集体行动来维护正确的继承秩序，以抵制过度集中化及弘扬清廉高洁等价值观，在一定程度上决定了万历之后中国历史走向，也加剧了晚明时代显著特征——强烈的政治纷乱，是那段历史发展中的关键事件之一。
关于国本之争这一主题，有很多研究者仍然站在早期臣僚们那一边持有偏见，比如将郑贵妃评价成祸水，或许她天生就该安静守己，不应该追求更高的地位；或者认为万历应该专心王恭妃，没有必要真正爱情。但这些看法往往基于固有的保守思维方式，没有给予公正评价，让一个已经错综复杂的情节变得更加难以辨识。
