国本之争的历史影响深远，首先导致了皇权事实上的削弱。万历帝不理朝政，以至于对内阁、地方官员缺官现象视而不见，极大破坏了晚明的正常运作，并大兴敛财之道，派用矿监、税监为害百姓，激起民变。这一过程中，他又模糊储位态度，使得官场及地方人士妄加揣测，政局混乱，不断出现党争，如宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派的明争暗斗，这种局面使政府行政效率下降。
其次，这场国本之争是形成晚明政治混乱重要原因之一。万历帝希望独揽大权，而放任缺官不补，使内阁势力受削；他长居深宫，不理朝政，司礼监因拥有“批红”的权利，其地位自然上升；外戚实力得发展，此时外戚甚至有内主之称。
再次，由于皇帝怠政昏晕，廷臣党争攻讦，加剧了政府机构涣散。言官因对朝政不满，上疏抨击时政，其实力得到提高；地方仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体出现后，有东林书院文人关注时政，最终有东林党之称。最后，有民变乃至后金兴起，又代表了地方势力的崛起。
在这数十年的斗争中，言官以群体行动发挥重要作用，在维护正统皇位继承原则和稳定统治秩序方面制衡皇权，以及弘扬官僚正气等方面发挥重大作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向，为晚明三大案的诱因，在一定程度上加剧了党争的形成，加速了明朝灭亡，是晚明最具影响事件之一。
关于国本之争这个主题，有众多历史研究者持不同观点，但对于郑贵妃，一般认为她天生该安分守己，不应有做皇后的非分想，而万历帝应与王恭妃恩爱，不应真正爱情，这些论断出于僵化保守思想，无疑失公允，将已经难以辨认的历史蒙上了更多难以识别的情绪色彩。
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