在明朝册立长子为太子的原则下，大臣们普遍支持皇长子朱常洛，但明神宗却偏心于郑贵妃所生的皇三子朱常洵，甚至有意将其立为太子，这引起了大臣与慈圣皇太后的强烈反对。国本之争因此持续了十几年，最终以明仁宗的妥协收场。
据说，神宗与郑贵妃曾在大高玄殿祷神盟誓，相约立朱常洵为太子，并将密誓御书封缄玉匣内，由郑贵妃保管。这违背了祖制和封建礼制，对朝中产生了巨大的危机。大臣们受流言影响，上疏建议尽早册立皇长子朱常洛，以破除流言，他们指责后宫干政，矛头直指郑贵妃。
申时行首辅上疏列举英宗、孝宗被立太子的例证，再次要求册立皇长子，但明神宗推托称皇长子的年龄小，不愿让不喜欢的王恭妃所生的儿子继位。朱常洛五岁时，王恭未受封，而朱常洵刚出生，即被封为皇贵妃，这激起了一些大臣怀疑万历要废长立幼的大恐慌。
当户科给事中姜应麟等人提出册立东宫，被明神宗降旨处罚。沈璟、孙如法也因此遭到惩罚。但是这并没有改变明神宗的心意，他仍坚持依照顺序来决定储君问题。
随着时间推移，大臣们继续请求册立皇长子，但他们的提议被不断地推迟。在这种情况下，大臣们纷纷辞职或遭到廷杖。洪乃春因提醒帝王“私生活”而死去，最终导致更多的大臣受到牵连。
最终，在万历二十一年（1593年），大学士王锡爵向清华奏请，将三个儿子的身份从公主改为公爵，同时由嫡母抚养，以避免未来可能发生的问题。不过这个提议并未得到通过，因为它暗示了对现任储君合法性的质疑，从而引发了一场新的政治风波。
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