万历朝的国本之争，深刻影响了当时的政治局势。首先，它导致了皇权实际上的削弱。明神宗对政务不闻不问，导致内阁和地方官员大量缺席，这极大地破坏了晚明政权的正常运作，并且通过派遣矿监和税监来敛财，对百姓造成巨大压力，从而激发民变。这场争议还促成了明末党争的一个重要因素。在储位问题上，明神宗模糊态度，使得官员们猜忌三分，政局混乱，不断出现宣、昆、齐、楚、浙五党与东林两党之间的公开斗争，以及阉党与东林之间暗中较量，这些纷争严重削弱了政府效率，更是成为后来的三大案事件的一部分。
此外，由于希望独揽大权，同时又放任缺官不补，内阁力量受到了削弱；由于长时间居住在宫中，不理朝政，司礼监的地位自然上升；而郑贵妃的宠爱也使得外戚实力增强。此时外戚掌控内宫事务，即“内主”现象频繁发生。
在这种情况下，当时言官因为对朝廷政策失望，上疏抨击朝政，他们的地位也随之提升；同时地方士绅也不再以仕途为衡量人生价值标准，“山人”群体兴起，并且文人开始关注政治事务，最终形成了所谓的东林书院。这些都预示着地方势力的崛起。在长达数十年的斗争过程中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统继承原则，加强中央集权，与弘扬正气相辅相成，在稳定国家秩序方面扮演了一定的角色。
“国本之争”，决定了万历之后清晰方向，为晚明最具影响力的事件之一。而对于这场历史性的冲突，有许多研究者仍然站在臣僚一边，对于这一主题有着不同的看法。他们似乎认为郑皇贵妃天生就该安分守己，而不是做皇后的野心家，而万历皇帝应保持一种常规的情感关系，无需真正的情感投入。这类观点基于传统思想，没有给予公正评价，使得历史变得难以辨认，如同被锈蚀一般。
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