在明朝的历史长河中，都司卫所扮演着至关重要的角色，它们是洪武初年由明太祖朱元璋建立的一种军事机构。最初称为都司、行都卫，后来于洪武八年被更名为都指挥使司和行都指挥使司。随着时间的推移，这些机构逐渐固定下来，并且在全国范围内分布得非常均匀。
明朝下设十六个都司和五个行都司，每一个布政使司（即行省）都会有一个对应的都司，其军事长官备称为“指挥使”，与布政使同驻一城。这些地区包括山东、浙江、江西、福建、湖广、山西、陕西、四川等地。
除了这些主要的行政区域外，还有一些特殊的情况，比如大宁都司原本治所位于大宁卫，但后来被迁移到保定府；辽东都 司则治所位于定辽中卫，辖境涵盖了今天的大部分辽宁地区；万全 都 司则治所位于宣府左卫，辖境覆盖河北省内外长城一线，以及宣化和阳原以北地区。
另外，有一些特殊情况下的留守 司，他们负责保护皇陵安全，不参与屯田生产。在这方面，有两处留守 司，一是在安徽凤阳府设置中的中都不留守 司，他们专门负责皇陵的防护任务；另一处是在湖广承天府设置中的兴都不留守 司，他们也负责显陵及承天二衛 的防护任务。
所有这些机构，无论是正规或是特殊，都属于最高级别的地方军事组织，它们直隶京师五军 都督府并分别统管各地之千户所。大约每个千户 所有五千六百人，为一小部队，每千户 所下分十个百户 所，而每百户 所下分十个总旗，再进一步细分到小旗。这意味着整个系统构筑了一套严密而复杂的层级结构，以确保效率高效以及控制力强。
除此之外，还存在一些特定的 千户 所，如守御千户所，它们通常独立驻扎于某地，以其名称标识，而不归任何单独的一个 都市 或 行都市管辖。此类 千户 所，大多数直接隶属于 都 市或 行都市管辖。而屯田 千户 所和群牧 千戶 所，则以农牧活动为主，不同于其他类型但品级相同。
《明史-兵志》记载，在洪武二十六年的时期，全中国共有三百二十九处内外衛 及 六十五处 守御千 户所。而到了末期，数量却增加到四百九十余处衛 及 二千五百九十余處所 和 三百零十五處 守御 千 户所以及其他类型的小型部队。但这一制度最终因边境屯田制度废弛导致士兵与当地民众融合，从而失去了其作为有效地方管理工具的地位，最终导致了它在清朝初年的消亡。
