明太祖洪武初年创立的都司卫所,原名都司、行都卫,在1375年的洪武八年更名为都指挥使司(简称都司)和行都指挥使司(简称行都司),至宣德时期定下。明朝全国设有十六个都司和五个行都 司,以及二留守司,每个布政使省设置一个,都军事长官称为“指挥使”,与布政使同驻一城。
山东的治所在济南府,浙江在杭州府,江西在南昌府,福建在福州府,湖广在武昌府,山西在太原府,陕西在西安府,而四川则是成都是其治所。此外,大宁的治所曾经位于大宁卫(今辽宁宁城西),辖境包括今天的河北长城以北和辽宁西拉木伦河以南地区;永乐元年移至保定府。大宁及万全等多个地方设有各自独立的机构,并非直接隶属于中央政府。
此外,还有奴儿干、陕西行、山西行、福建行等机构分布于边疆海岸区域,以辅助本省之防御任务。明初对京师及其周边以及全国各地均设立了卫所,一些大城市如凤阳也有特殊设置,如中都是专门保护皇陵的地方。
每个卫通常由前后、中左右五千户组成,大约含五千六百人。一千一百二十人构成一个千户所,一百十二人构成一个百户所。所有这一切皆受总旗、小旗领导,每旗或小旗包含十人的单位。这体现了明朝对于军事组织严密控制的一种方式。
这些地方性部队不仅用于抵御外敌入侵,也用来维护内部秩序。当需要出征时,这些部队会被调遣到战场上。在平常情况下,他们参与屯田生产,并进行训练,但随着时间推移,这种制度逐渐废弛导致士兵与当地居民融合,最终将原本纯粹军事组织转变为了管理民众生活的地方行政区划。
《明史》记载了这段历史,其中提到了内外共三百二十九处内衙及守御千户所六十五处。在晚期,这数量增加到了四百九十三处内衙、二千五百九十三处内衙以及三百一十五处守御千户 所。而这些机构主要负责防备侵略,同时也作为维持国内稳定的工具。在留守方面,则专注于皇陵保护,不涉及其他职能。
由于世袭制和土地制度的问题,使得这些组织最终失去了战斗力,对抗敌人的能力减弱,最终导致帝国末期出现问题。