王小波曾评价《万历十五年》为“不新的”，这本书的确以明末三大案为核心，深刻剖析了万历十五年这一历史时期。尽管这个时间点看似平淡无奇，但实际上，它是中国封建王朝发展过程中的一个重要节点。
黄仁宇在著作中反驳了传统关于明代民穷的说法，他认为国家赋税过重并非主要原因，而是法律和政府效能问题。他通过对《万历十五年》的撰写，旨在阐述这一观点，即中国两千年的法制缺失导致的后果，最终达到极致于明代。
在这个时代里，有如张居正、戚继光、申时行等重臣，他们虽然有着改革之志，但最终均以悲剧收场。即使万历帝自己，也只能采取守旧政策，无为而治。在这种体制下，每个人都被束缚，无法真正推动国家前进。他们每个人的故事，都值得我们深思，他们试图带来变革，但最终失败，只能遭受革职或入狱的命运。这一切都说明了强大的体制惯性如何导致悲剧发生。
文官集团的统治让整个国家陷入停滞，对武备、科技创新和商业发展产生了阻碍。文官与宦官之间权力斗争，更是加速了大明帝国走向衰败的一步。
《万历十五年》记录了一系列看似不起眼的小事件，却其实隐藏着决定性的因素，这些因素将引发未来的大事。而这些事件间的关系，正是历史学家探讨重点所在。这本书通过对几个关键人物的描述，让读者感受到这个没落帝国悲惨命运，以及历史如何让这些帝王将相最后一去不复返。
黄仁宇批评道德不能替代技术，更不能替代法律，这种依赖意识形态进行统治的手段，在明朝达到顶峰，无论是在强度还是广度上都是前所未有的。此时此刻，便开始了中国与西方差距日益扩大的过程。一边是西方帝国崛起，一边是东方帝国走向沉沦。
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