王小波曾评价《万历十五年》为“不新的书”，确实，万历十五年，也就是1587年，发生了许多决定性事件。然而，这一年也可能显得平淡无奇，没有什么值得一提的内容，但它正是中国封建王朝发展的一个重要阶段。
过去关于明史的叙述几乎都强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并非国家赋税过重，而在于法律与政府效能低下。两千年的中国，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，他写作《万历十五年》的目的在于说明这一观点。
万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人各有特色，却以悲剧收场。即使是万历自己，在这种文官集团体制之下，只能采取无为而治。此种体制惯性的悲哀可见一斑，他们每个人的尝试改革，最终失败，大部分还遭到革职或入狱。一群文官为了维护整个集团，使国家武备、科技革新和商业发展陷入停滞。文官集团统治对这个国家来说，无疑是一次不幸的开始，文官与宦官集团夺权更是导致大明王朝走向衰败。
历史上，万历十五年虽平凡，却包含了一些容易被忽视的小事件，但这些事件虽然看似末段小节，其实却是以前大事的症结，也预示着将来会掀起波澜。这其中因果关系恰恰成为历史重点。在《万历十五年》中通过描述几个关键人物，看出了这个没落王朝的悲剧命运，最终历史让这些帝王将相所泯灭。
尽管对中国以道德代替法律，黄仁宇在《万历十五年》中已经批判透彻——道德非完美，不足以取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝特征之一是在于“依赖意识形态作为统治手段;意识形态渗透帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前的程度。”
从此刻开始，对中国与西方之间差距越发凸显！西方帝国崛起之际，东方帝国则渐入沉沦！
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