明朝晚期的疆域管理显得力不从心，国土面积在鼎盛时期达到了1000万平方公里，但随着时间的推移逐渐丢失了控制。尽管明朝军事实力依旧强大，但为何会被周边小国轻易侵扰？答案往往隐藏于内政之中。
新疆自唐代起便未再受到中央王朝统治，长年处于动荡状态。在明初，大明西境部分地区是属于新疆的，如哈密与哈喇火州地区。不过，以西方地区仍然承受着动乱。
“封疆之狱”事件对于明朝来说是个重大的分水岭。这场争议始于嘉靖初年的土鲁番频繁攻扰肃州等地，并引发了“封疆之狱”，处理了甘肃巡抚陈九畴等四十余人后，世宗朱厚熜采纳几位大臣建议，起用王琼。随后王宪被提拔至南京兵部尚书参与军机讨论，而王琼则接任三边总督位置。此时，由于那些通过“封疆之狱”晋升高位的大臣对吐鲁番问题无所谓，对哈密问题视若无睹。
然而哈密对明朝至关重要。三边总督王越曾言：“若非规复哈密，那苦峪难以防守，此乃失去甘肃、陕西门户。”詹事府詹事霍韬也指出：“保住哈密即保甘肃；保护甘肃则是守护陕西；放弃此地，则甘肃亦将放弃宁夏及临洮?”他认为一寸土地弃守可能导致数丈土地丧失，因此放弃哈密需慎重考虑。
许论批评之前议和政策，他父亲许进曾收复哈密，但知今日不同情景，不易恢复。二难题：首先，是因其多次战败人口稀少，坚守困难；其次，没有像他父亲那般深入率领军队到达地方。他列举四个理由不能急速收复：
哈米斯战略价值已不如昔；
已经有两三代遗民，对回归兴趣缺乏；
哈米斯成为敌人的筹码，如果忽视，其就失去了筹码；
关西部落原系藩属屏障，现在残破，无需恢复。
基于这些理由，半个多世纪的纷争之后，将这片区域置於相對稳定的局面。而吐鲁番崛起反映了 明朝西域政策失败，同时又间接帮助抵御更强势威胁如瓦剌部族入侵。历史常让人捉摸不透。
虽然与明朝长期敌对，吐鲁番仍有时向明贡品，并主导向清朝贡献权力，这种情况持续到哈米斯衰落前才改变。
总而言之，被认为极为保守的是中国古代的一项外交政策——丝绸之路仅限于通商互市，而非汉唐时代建立都护府或郑和下西洋那样规模宏伟的交流活动。在失去拉萨之后，对外政策愈加保守。而这一切，都可从之前的“封疆之狱”找到一些缘由。当时官员发生洗牌，一些新进官员利用边界问题发起攻击异己者，从而影响国家决策，使得原本积极规复的地方最终坐视不理。
