政治腐败蔓延
在万历年间，明朝政治上的腐败现象日益严重。宦官权力的扩张导致了政府效率的大幅下降，贪污、舞弊和滥用职权成为常态。宦官们通过控制皇帝和掌握重要职位来操纵国家事务，不仅影响了中央决策，还阻碍了社会进步和改革。此外，选举制度不健全，使得地方官员往往由宦官推荐或任命，这进一步加剧了地区之间的矛盾。
经济危机深化
随着政治上的一系列问题，经济也逐渐陷入困境。农业生产受到了自然灾害（如洪水、旱灾）的影响，而对外贸易则因海盗活动增加而受到挫折。这使得财政收入大幅减少，加之军费开支不断攀升（主要是用于防御边疆），国库空虚的问题日益突出。同时，由于货币贬值和通货膨胀的问题，一般百姓生活水平下降，对政府的支持度也随之降低。
社会矛盾激化
社会各阶层之间的矛盾越来越尖锐。在农民中，由于地主兼并土地、税赋增重等原因产生了一系列抗争事件，如“三农问题”的恶化加剧了农民对封建统治体制的不满。而商人阶级由于贸易障碍和市场竞争，也面临着生意难做的情况，他们可能会寻求更大的利益，从而参与到反抗运动中去。
文化教育受损
文化教育方面，也出现了一些问题。虽然在这一时期出现了一批杰出的学者，如李贽，但整体来说，书院文化相对于之前鼎盛时期有所衰退。部分原因是因为经济压力导致家庭无法养活更多子弟参加学业；另一个原因是由于官方政策倡导儒家思想强调“读书即可为王”，这促使一些人追求功名利禄，而不是真正探索知识本身。
外患威胁持续
最后，在国际形势方面，对外战争与民族关系也是明朝衰落的一个重要因素。在万历年间，与蒙古、琉球等国交涉中的失败，以及对内战乱之后复辟失敗，都让明朝在国际上的威望大打折扣，同时还吸引了一定数量的人才流失至其他国家，比如日本、新罗等地，这进一步削弱了其国内力量。
