在万历三十五年（1607年），他以进士身份授予中书舍人职位。当明光宗即位，他被提拔为吏科给事中，上疏请求收留录用前朝直臣，不久陈述刚开始执政时应注意的三项要务，即：任用仁爱贤能的人、推广皇上的恩惠、远离阿谀奉承的人，并请求留下各地上供的金花银，用来帮助军队建设。
在天启元年（1621年），他又提升为礼科左给事中，这时辽阳战事危急。他请求在内阁大臣中推选二个通晓军事的人专门负责这事，而用职方郎一人专门管理机要事情，给事中二人专门负责来往的公文。然而，他与同僚们因反对宦官权力而遭到陷害，被迫自杀。
周朝瑞与杨涟、左光斗、魏大中、袁化中的共同遭遇，他们都是明代晚期的一群清流人物，因坚持改革和反对宦官干政，最终被迫自尽，因此他们并称“东林六君子”。尽管他们都有勇于直言批评权贵，主张政治改革，但最终未能改变国家命运，只留下了悲剧性的历史足迹。
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