明朝鼎盛时期的疆域面积，在永乐年间达到了接近1000万平方公里的辽阔，然而到了明朝后期，这份控制力显著衰退，导致了不少领土被侵占。尽管明朝军事力量并未弱化，但为何能被周边小国轻易得利？主要原因便在于朝廷内部的纷争与混乱。
新疆这片土地自唐代起，便失去了中原王朝的统治，其长时间处于无休止混战状态。早在明初，大明西部有部分疆土属于新疆，如哈密，它继承了元末剩余西面领土以及哈喇火州地区。不过，以西地区仍旧处于动荡之中。
“封疆之狱”对于明朝是个重大的事件，它标志着对新疆部分地区控制力的分水岭。在嘉靖初年，吐鲁番频繁攻扰肃州等地，而当时内政因大礼议之争而陷入混乱。这场“封疆之狱”后来处理了甘肃巡抚陈九畴等四十余人，并由几位大臣建议起用王琼。此刻，那些通过“封疆之狱”晋升高位者，对吐鲁番问题缺乏兴趣。当嘉靖八年，明廷放弃了以前恢复哈密的政策，对吐鲁番视若无物。
然而哈密对于明王朝至关重要。三边总督王越曾言：“若非哈密规复，那苦峪难以防守，一旦如此，肃州以外的地盘，就全为敌人所有。”詹事府詹事霍韬也指出：“保住哈密是为了保住甘肃，而保护甘肃则是为了守住陕西。”
嘉靖中期许论批评过之前与吐鲁番议和的事宜，他父亲许进曾带兵收复哈密。不过他知道现实不同于过去，要想再次收复此地并不简单。他认为有两个难题：首先，是由于哈密多次失守、人口稀少；其次，是没有像他父亲那样的人能率军深入。
此外，他还找出了四个不能急于收复理由：一是战略位置不如往昔；二是居民已成异族，不愿回归；三是不让敌方利用此地勒索；四是关西部落残破，无需恢复。此后虽然局势平稳，但吐鲁番崛起反映了 明朝在西域政策上的失败，同时也有助抵挡更强势力的侵扰。
历史常令人迷惑，即使与清室交恶的吐鲁番，却又向明贡品，并且取得主导权。一切都围绕着极端保守的对外政策展开。在丝绸之路上仅限于交流而非大规模贸易活动发生。而这一系列变化，都可从“封疆之狱”找到原因——随着官员洗牌及新的对策实施，整个政治格局彻底改变。
