在“清朝那些事”的后期，清朝面临着前所未有的内部矛盾和外部挑战。从19世纪中叶开始，西方列强对中国进行了不断的侵略，这不仅加剧了国内的分裂，还促使了一些改革派人物提出新政方案。
首先是戊戌变法。1881年，由于军机大臣张之洞等人的倡导，光绪帝决定实施一系列改革措施，如设立学堂、推行洋务、新建海军等。这一时期虽然取得了一定的成效，但由于受到保守势力的阻挠，最终导致失败。例如，李鸿章提出的自强运动，在实际操作中遭到了地方官员和部分皇室成员的反对，最终无法得到全面实施。
随后，是更为深刻的一次变革——百日维新。这次改革始于1898年，由慈禧太后支持下的光绪帝主持。在短暂的一百零八天内，推出了包括废除科举制度、实行宪政、引进西方法律等多项重大改革措施。但是，这场改革也因权力斗争和外国势力的干涉而被迅速扭转。慈禧太后发动政变将光绪帝软禁，并重新掌握了最高权力，这标志着这一阶段的政治稳定与社会发展再次受阻。
此外，一些地方政府也试图独立思考并采取行动来应对外患。如江苏巡抚吴汝贞，他主张实行严格控制私人借款及关税增收，以减少国家财政压力。此举虽然有效地缓解了一时之需，但长远来看，却加剧了民族资本家之间以及资本家与农民之间的矛盾。
另外，不容忽视的是社会层面的变化。在这个过程中，一批新的思想者涌现，他们通过报刊、书籍传播新思潮，如康有为、梁启超等人，他们提出了“兴亡继绝”、“救亡图存”的口号，对未来中国的走向产生了重要影响。而这些思想家的活动，也吸引了一批知识青年加入到他们身边，为近代中国文化复兴奠定基础。
最后，当清朝最终在1912年的宣统三年（即民国元年）正式结束统治，其余权利被赋予中华民国时，“清朝那些事”就这样画上了一个句点。这段历史虽充满挫折与失败，但同时也孕育出不可逆转的人文精神，以及对于现代化道路探索的心血珠子。在这段时间里，无论是在政治上还是文化上，都留下了深刻印记，为接下来的时代埋下种子。
