军事疲惫与内部矛盾
元朝在位时间长达近一个世纪，其军事力量一度覆盖了从东海到西域的广阔地域，但随着时间的推移，元朝军队开始出现严重的问题。首先，元军缺乏一致性和统一指挥，没有形成强大的中央集权制所必需的有效沟通机制。这导致了不同的地区和部落在战争中各自为战，而不是共同对外作战。此外，由于长期征服和边疆管理，元军士兵多数是汉人，他们对于草原游牧民族的战斗方式并不熟悉，这也极大地削弱了其战斗力。
政治腐败与中央权威丧失
政治腐败是元朝灭亡的一个重要原因。在当时，皇帝往往被宦官、太监等亲信所控制，他们通过贿赂、排挤异己等手段巩固自己的地位，而忽视国家大计。同时，由于帝国版图辽阔，不少地方官员都拥有相当大的自治权，这种局面加剧了中央政府对地方的控制力度下降，使得地方势力的独立趋势日益增强。
经济困境与民生问题
经济上，尽管蒙古人征服后可以获得丰富资源，但由于过度开采及运输不便，加之内陆交通阻碍和海路贸易受限，最终使得经济发展缓慢。尤其是在北方农业区因为连年的自然灾害，如旱灾、洪水等，以及南宋残余力量不断进行破坏袭击，对农耕社会造成巨大影响，从而引发了大量人口流离失所。
社会结构变化与民族关系紧张
社会结构方面，与汉族融合越来越深入，有些蒙古贵族逐渐接受儒家文化并且改变生活习惯。而另一方面，一部分蒙古贵族却因为接触汉文化而感到不安，他们担心自己的身份以及他们的地位受到威胁，因此反对这种文化融合进程。这类矛盾加剧了一些蒙古贵族之间以及蒙古贵族与汉人的矛盾，使得整个社会陷入一种复杂且紧张的情绪状态中。
外患威胁与内部分裂
最后，还有来自周围国家如明清两代不断挑战的外患问题。明初朱棣即位后，以“靖难之役”平定王室内乱后，即集中精力攻打元末残余政权，并最终以1368年驱逐出关成功，在建国初期就已经完成了对中国腹地的大规模整顿工作。同时清朝建立之后，也曾多次向前线发起攻击，最终迫使 元将脱去金枝玉笺，将紫禁城改名为「北京」正式迁都至此，从而标志着满洲人完全取代当时其他民族成为中国统治者阶层。这一切都是不可避免地促使了一系列国内政策调整，以应对这些来自周围世界持续不断挑战的地方性危机。
