《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提及《明史》，他们便自信满满地断言它是清朝篡改的产物。明朝在他们口中简直无一不是完美无缺，普通人询问是否曾阅读过《明史》，这些粉丝必然回答：“当然，我还能不认识几个字吗？”然而，当人们意识到该书作者并非真正的学者时，他们便搬出权威学者的名号：毛佩琪，以此来证明所有关于明朝的伟大成就都是他所言，尽管他的观点在多个方面存在错误。
例如，在《百家讲坛》上讲述“朱元璋重刑治国之谜”时，毛佩琪声称“明朝官员考核由吏部和督察院负责”。这是一个显而易见的历史错误。再比如，在《细解明朝十七帝》一书中，毛佩琪指出帖木儿国从洪武年间开始向明朝纳贡。这一点完全站不住脚，因为洪武年间是大 明王朝建立后的第一个年号，而洪武之前意味着当时还没有形成大 明国家，所以帖木儿国怎么可能向未来的明廷纳贡呢？
与此相反，那些历来遭受最激烈批评的隋炀帝杨广，却以其疏通运河、连接长江流域两大经济区，为中华民族打下了牢不可破基础，这种历史功绩值得我们铭记。
至于毛佩奇教授认为老百姓因战争而流血，这只是他的一己之见，但这样的说法并不准确。而且，他在演讲中提到的很多史料都存在严重错误，比如说中国疆域在建文四年的时候达到空前广阔，其实这一点并不准确。在中国历史上的版图扩张和收缩经历了不同的发展阶段，从秦始皇统一天下后300万平方公里，再到汉武帝开拓河西走廊20万平方公里，以及唐太宗拓展云贵高原33万平方公里，最终形成350万平方公里的大中华帝国；到了清代，则达到了17世纪内蒙古100万平方公里、1644年东北248万平方公里等级别，最终达到1800多万平方公里。但即使如此，由于其中包含大量荒芜之地，大清帝国版图也远不如过去960多万平方千米宽广。
